Annoverato tra i migliori difensori degli anni 1980 e 1990, nel corso della sua carriera ha vestito le maglie di Napoli e Juventus, conquistando 7 scudetti (1986-87, 1989-90, 1994-95, 1996-97, 1997-98, 2001-02 e 2002-03), 2 Coppe Italia (1986-87 e 1994-95), una Coppa UEFA (1988-89), 5 Supercoppe italiane (1990, 1995, 1997, 2002 e 2003), 1 UEFA Champions League (1995-96), 1 Supercoppa UEFA (1996), 1 Coppa Intercontinentale (1996) e 1 Coppa Intertoto (1999).

Tra il 1987 e il 2000 ha totalizzato 49 presenze in nazionale, partecipando al campionato d'Europa 1988 e al campionato del mondo 1990, chiusi entrambi al terzo posto, e al campionato d'Europa 2000, concluso in seconda posizione. In giovane età ha fatto parte anche dell'Under-21 e della selezione olimpica, con la quale ha disputato i Giochi di Seul 1988.

I 7 campionati vinti lo collocano tra i giocatori più decorati nella storia della Serie A. Nel 1997 è stato incluso nella squadra dell'anno ESM e candidato al Pallone d'oro, classificandosi 33º.

Biografia
È nato a Napoli l'11 febbraio 1967, nel quartiere di Posillipo. Esiste un altro calciatore nato nella stessa città, nella stessa data e con lo stesso nome, che ha fatto parte della rosa del Napoli nella stagione 1985-1986; essendo all'epoca entrambi nella stessa squadra, per differenziarli venivano chiamati per soprannome: al più anziano dei due toccò il nomignolo Stielike, con riferimento a un ex difensore della Germania Ovest noto per il suo energico stile di gioco.
Ha tre figli, tra cui Paolo, anche lui calciatore. Insieme alla famiglia, nel 2004 è comparso in una serie di spot televisivi della marca di yogurt Danette della Danone. In precedenza, nel 2002 era comparso, insieme a Fabio Cannavaro e Vincenzo Montella, nel film Volesse il cielo! di Vincenzo Salemme. Dalla stagione televisiva 2015-2016 è commentatore e opinionista tecnico per Premium Calcio. Nel 2019 partecipa al celebrity talent show di Canale 5, Amici Celebrities.
A maggio 2005, sempre insieme a Cannavaro, ha creato la Fondazione Cannavaro-Ferrara, associazione di volontariato che si occupa dei bambini disagiati dei quartieri napoletani.

Caratteristiche tecniche
Giocatore
Affermatosi in giovane età, Ferrara era un difensore grintoso ma corretto, molto dotato atleticamente nonché valido sul piano tecnico. Abile in acrobazia e nel gioco aereo, spiccava per carisma e personalità, ed era in grado di adattarsi a diversi ruoli e moduli tattici: poteva infatti agire da stopper, libero e terzino; inoltre, pur essendo uno specialista della marcatura a uomo, nella quale non lesinava interventi decisi per questo motivo, avversari come Zbigniew Boniek e Ryan Giggs lo annoverarono tra i difensori più difficili da affrontare —, dimostrò di potersi disimpegnare con profitto anche negli schieramenti a zona, a dispetto di qualche scetticismo. Il suo repertorio comprendeva altresì una buona propensione agli sganciamenti offensivi.

A quattordici anni venne costretto momentaneamente in carrozzella dalla sindrome di Osgood-Schlatter, e ripresosi esordì in Serie A con il Napoli il 5 maggio 1985, allo Stadio San Paolo contro la Juventus, partita del campionato 1984-1985.

Nella stagione 1986-1987 vinse i suoi primi trofei: lo scudetto e la Coppa Italia. Nella 1989 il Napoli vinse il suo primo trofeo europeo, la Coppa UEFA, battendo in finale lo Stoccarda: nella finale di ritorno Ferrara segnò il gol momentaneo del 2-1.

Dopo due secondi posti consecutivi in campionato, Ferrara vinse da protagonista un altro scudetto nel 1989-1990, seguìto dalla Supercoppa italiana conquistata contro la Juventus. Nel 1991, dopo la cessione di Diego Armando Maradona, divenne capitano del Napoli, suffragando il suo status di bandiera del club, molto apprezzata dalla tifoseria.

In dieci stagioni vestì la maglia azzurra 323 volte: 247 presenze in Serie A e 12 gol, 47 in Coppa Italia con due segnature e una in Supercoppa italiana, 28 presenze nelle coppe europee e un gol.

Juventus
Nell'estate del 1994 viene ceduto alla Juventus, dove ritrova Marcello Lippi il quale già lo aveva allenato a Napoli. Pagato 9,4 miliardi di lire, contribuisce con un rendimento eccellente alla vittoria dello scudetto, il terzo della sua carriera, e della Coppa Italia, la seconda per lui. L'anno successivo vinse ai rigori la Champions League, allo Stadio Olimpico di Roma contro l'Ajax di van Gaal, realizzando il primo penalty per la Juventus. Nella stagione successiva gli venne affiancato Paolo Montero, con il quale comporrà per anni una coppia difensiva di alto livello.
A Torino vinse sei campionati (ridotti a cinque dopo la revoca dello scudetto del 2004-2005), una Coppa Italia, quattro Supercoppe italiane, una Champions League, una Supercoppa UEFA, una Coppa Intertoto dell'UEFA e una Coppa Intercontinentale. Oltre a quella vinta nel 1996, ha disputato altre tre finali di Champions League: nel 1997 contro il Borussia Dortmund, nel 1998 contro il Real Madrid e nel 2003 contro il Milan.

Il 15 maggio 2005, a trentotto anni, gioca la sua ultima partita ufficiale, contro il Parma allo Stadio delle Alpi. Si ritira al termine di quella stagione, vantando in tutto 500 partite in Serie A, nel corso di ventuno stagioni consecutive.

Con la maglia bianconera ha giocato in totale 358 incontri: 253 partite in Serie A (più uno spareggio per l'accesso alle coppe europee) segnando 15 gol; 26 in Coppa Italia; e 3 finali di Supercoppa, con 2 segnature; 74 incontri europei con 3 centri e una presenza nella Coppa Intercontinentale.

Al 2019 è quattordicesimo nella classifica di presenze in nella massima serie. Con Giancarlo De Sisti e Luciano Castellini, è uno dei tre calciatori ad aver collezionato almeno 200 presenze in Serie A con due differenti squadre.

Nazionale
Dopo aver totalizzato 6 presenze in Under-21, esordì nella nazionale maggiore il 10 giugno 1987, a 20 anni, in Italia-Argentina (3-1), amichevole disputata a Zurigo. Venne convocato dal commissario tecnico Azeglio Vicini per il campionato d'Europa 1988 e il campionato del mondo 1990, che videro l'Italia giungere al terzo posto. Le due competizioni furono inframmezzate dalla partecipazione con la nazionale olimpica ai Giochi di Seul 1988, chiusi dagli italiani al quarto posto.
Durante le qualificazioni per il campionato d'Europa 1992, Ferrara iniziò a essere impiegato con maggiore frequenza, insidiando la titolarità di Giuseppe Bergomi nel ruolo di terzino destro, ma, sul finire del 1991, l'approdo di Arrigo Sacchi sulla panchina dell'Italia determinò una brusca interruzione della sua carriera azzurra: dopo aver ricevuto tre convocazioni tra il novembre 1991 e il marzo 1992 (senza scendere in campo), il difensore partenopeo fu escluso per tre anni dal giro della nazionale, poiché ritenuto scarsamente adattabile alla marcatura a zona. Reintegrato nelle file azzurre a partire dal giugno 1995, Ferrara si affermò come titolare durante le qualificazioni al campionato d'Europa 1996, ma si infortunò prima dell'inizio della competizione, venendo sostituito dall'esordiente Alessandro Nesta.
Sotto la guida di Cesare Maldini, successore di Sacchi, prese parte alle qualificazioni per il campionato del mondo 1998, ma dovette saltare anche quest'ultima manifestazione per via di un altro infortunio; al suo posto fu convocato il rientrante Bergomi.
Il 23 febbraio 2000 scese in campo con la fascia da capitano degli azzurri nell'amichevole vinta 1-0 contro la Svezia. A trentatré anni venne convocato dal CT Dino Zoff per il campionato d'Europa 2000 chiuso dall'Italia al secondo posto, e dove nella sfida della fase a gironi contro la Svezia giocò l'ultima delle sue 49 gare in nazionale.
Nel 2005, subito dopo il suo ritiro, è entrato nello staff della nazionale italiana da collaboratore tecnico del CT Marcello Lippi, partecipando alla vittoria del campionato del mondo 2006. Successivamente torna alla Juventus da responsabile del settore giovanile ed è commentatore televisivo per Sky Sport. Il 26 giugno 2008, col ritorno di Lippi sulla panchina azzurra, torna a ricoprire il ruolo di collaboratore tecnico, senza lasciare le responsabilità del settore giovanile bianconero. Il 18 maggio 2009, in seguito alla sua nomina di allenatore della Juventus, lascia l'incarico in nazionale.

Juventus
Il 18 maggio 2009 assume la carica di allenatore della Juventus dopo l'esonero di Claudio Ranieri.
Esordisce sulla panchina bianconera il 24 maggio con vittoria per 0-3 a Siena, interrompendo la striscia negativa che non vedeva vincere la Juventus da 64 giorni e conquistando la qualificazione diretta alla fase a gironi della successiva Champions League. La settimana seguente, con la vittoria per 2-0 in casa sulla Lazio, la squadra raggiunge il secondo posto finale. Il 5 giugno 2009, dopo aver lasciato l'incarico in nazionale, è confermato allenatore della Juventus.

La stagione seguente inizia con quattro vittorie consecutive in campionato, ma la squadra accusa presto segni di cedimento, e scivola una fase negativa che culmina con l'eliminazione dalla Champions League e conseguente retrocessione in Europa League. Nonostante la vittoria 2-1 nel derby d'Italia di dicembre, la crisi di risultati prosegue anche nelle settimane seguenti sicché il 29 gennaio 2010, all'indomani dell'eliminazione in Coppa Italia per mano dell'Inter, Ferrara è esonerato e sostituito da Alberto Zaccheroni.

Nazionale Under-21
Il 22 ottobre 2010 diventa allenatore dell'Italia Under-21, sostituendo Pierluigi Casiraghi. Il 17 novembre seguente esordisce battendo in amichevole la Turchia 2-1 allo stadio comunale di Fermo. Siede per l'ultima volta sulla panchina dell'Under-21 il 4 giugno 2012 in Irlanda-Italia 2-2. In totale colleziona 19 gare (12 vinte, 6 pareggiate, 1 persa).

Sampdoria
Il 1º luglio 2012 firma con la Sampdoria. Esordisce il 27 agosto nel campionato di Serie A, vincendo col Milan a San Siro ed eliminando il punto di penalità inflitto dal giudice sportivo alla squadra.[40]

Dopo altre due vittorie e due pareggi, a partire dalla sesta giornata, la squadra inizia una serie di sconfitte consecutive: quella col Palermo alla dodicesima giornata è la settima consecutiva e la prima con due gol di scarto (le sei precedenti erano sconfitte di misura), determinando il record negativo per la squadra per quanto riguarda la massima serie. Lo stesso Ferrara dichiara, al termine della gara, di avere la totale colpa ma di non volersi dimettere. La serie negativa finisce con la vittoria 3-1 sul Genoa nel derby, il primo in carriera.

Il 17 dicembre, dopo la nona sconfitta subita (sette consecutive) col Catania 3-1 e con la squadra classificata al 15º posto, è esonerato e sostituito da Delio Rossi. Nella sua permanenza nella panchina blucerchiata, ha ottenuto in totale 18 punti (-1 a causa della penalizzazione) frutto di 5 vittorie, 3 pareggi e 9 sconfitte.

Wuhan Zall
Il 5 luglio 2016 torna ad allenare firmando per il Wuhan Zall, club della seconda divisione cinese. Subentra con la squadra al tredicesimo posto nella classifica, portandola alla sesta piazza finale. La stagione seguente, causa un avvio stentato (un punto nelle prime due giornate), viene esonerato.